Nguyễn Văn Hòa được truyền chức linh mục ngày 20 tháng 12 năm 1959 với nghi thức truyền chức do Hồng y Pietro Agagianian, Tổng trưởng Bộ Truyền giáo chủ sự. Năm 1963, linh mục Hòa về Việt Nam, được giám mục Đà Lạt Simon Hòa Nguyễn Văn Hiền bổ nhiệm làm linh mục phó xứ nhà thờ chính tòa Đà Lạt,[4] Hiệu trưởng trường Trung học Trí Đức và điều khiển ca đoàn Sêraphim. Với cương vị này, ông đã biên soạn một số bài thánh ca, trong đó có các bài hát thuộc Bộ Lễ Sêraphim được sử dụng khá phổ biến trong cộng đồng Công giáo Việt Nam.[6]

Năm 1968, linh mục Nguyễn Văn Hòa quyết định chuyển đến Giáo phận Ban Mê Thuột vừa mới thành lập,[8] được giám mục Phêrô Nguyễn Huy Mai bổ nhiệm giữ chức vụ thư ký tòa giám mục và Tuyên úy Dòng Nữ Vương Hòa Bình.[6][4] Linh mục Nguyễn Văn Hòa nhanh chóng thích nghi với đường hướng tu đức của vị sáng lập dòng và hỗ trợ vị này trong các việc soạn thảo Hiến pháp (quy định) dòng, nội quy cho Tập viện, Thanh Tuyển viện, Nhà Mẹ. Ngoài ra, linh mục Nguyễn Văn Hòa còn xin giấy phép chính thức mở các lớp Trung học đệ nhất cấp và đệ nhị cấp tại nhà Thanh Tuyển để nâng cao chất lượng học tập, đồng thời tham gia giảng dạy các môn học khác nhau như toán, ngoại ngữ, âm nhạc,... với cách giảng dạy sinh động và vui vẻ. Ông cũng hỗ trợ và chỉ dạy các nữ tu về các công việc đời sống hằng ngày như đóng đinh, vặn ốc, sử dụng ô tô, xe máy,...[8]